Struktur organisasi adalah salah satu sarana yang digunakan manajemen untuk mencapai sasarannya. Karena sasaran diturunkan dari strategi organisasi secara keseluruhan, logis kalau strategi dan struktur harus terkait erat. tepatnya, struktur harus mengikuti strategi. Jika manajemen melakukan perubahan signifikan dalam strategi organisasinya, struktur pun perlu dimodifikasi untuk menampung dan mendukung perubahan ini. Sebagian besar kerangka strategi dewasa ini terfokus pada tiga dimensi -inovasi, minimalisasi biaya, dan imitasi- dan pada desain struktur yang berfungsi dengan baik untuk masing-masing dimensi.
Sekolah Walisongo Bekasi terdiri dari 4 (empat) unit TK, SD, SMP dan SMK dibawah naungan Yayasan Walisongo Bekasi sejak tahun 1992 adapun struktur organisasi Sekolah Walisongo Bekasi, sebagai berikut :
Yayasan
TK
SD
SMP
SMK
